大菱鲆（俗称多宝鱼）是深受中国老百姓喜爱的海水鱼，也是我国海水养殖鱼类的当家品种。爱德华氏菌病是危害大菱鲆健康养殖的首要病害，目前缺乏有效治疗手段，发病率高达50%，死亡率接近30%。化学药物治疗造成多药耐药病原产生，威胁食品和生态安全。创制爱德华氏菌病疫苗，实现病害免疫防控，对于推动大菱鲆养殖业绿色发展意义重大。1. 通过比较基因组学技术对爱德华氏菌属进行重新分类，发现大菱鲆爱德华氏菌病的病原为杀鱼爱德华氏菌。建立国内外最全的爱德华氏菌属病原库，包含不同特性的典型毒株103株；在国内外首次完成不同代表毒株的基因组测序，通过比较基因组学分析将该菌属重新分类为五个种，发现引起我国大菱鲆爱德华氏菌病的病原为杀鱼爱德华氏菌；开发高灵敏度的免疫胶体金试纸条，可直接采集病鱼腹水，在1分钟内完成显色反应，实现大菱鲆爱德华氏菌病的现场快速诊断。2. 阐明杀鱼爱德华氏菌与鱼类免疫系统相互作用的分子机制，为细菌活疫苗设计奠定科学基础。发现杀鱼爱德华氏菌关键毒力元件为三型分泌系统（T3SS）和六型分泌系统（T6SS），能注射多种毒力效应因子，干扰细胞功能；阐明杀鱼爱德华氏菌重要毒力因子操控鱼类免疫信号通路的感染机制；鉴定鱼类识别病原感染的受体分子Caspy2，解析其诱导细胞焦亡的抗感染效应。在Cell Host & Microbe、Nature Communications、mBio、PLoS Pathogens等高水平期刊发表论文6篇，其中1篇被CeLL子刊专文评述。3. 发明国家一类新兽药大菱鲆爱德华氏菌病活疫苗，树立我国海水鱼类疫苗应用里程碑。以细菌毒力因子为靶标对爱德华氏菌属病原库进行筛查，发现EIBAV1菌株天然缺失T3SS/T6SS基因簇，是开发弱毒活疫苗的优良菌株；建立海水鱼类疫苗质量检验体系和操作规程，证明EIBAV1株注射免疫保护率超过70%、免疫持续期4个月，获批国家一类新兽药证书；建立大菱鲆爱德华氏菌病活疫苗田间应用规程，在示范企业规模化推广，发病率降低10-40%、化学药物用量减少50-70%。本成果针对严重危害我国大菱鲆养殖的爱德华氏菌病，完成了从病原鉴定、基因组解析、致病机制阐释到疫苗设计开发的全链条创新与实践，发表SCI研究论文60篇，他引740次，单篇最高他引79次，获授权中国专利10件、国家一类新兽药证书1件、生产文号2件。2016-2018年期间，疫苗累计推广4240万尾（2016年280万尾、2017年750万尾，2018年3210万尾），辐射养殖用户超过300家。其中，2018年推广量已占全国大菱鲆养成总量30%以上。疫苗推广应用降低了爱德华氏菌病造成的经济损失，减少了大菱鲆养殖业中抗生素用量，为推动产业绿色发展、生态环境保护以及食品安全保障做出了积极贡献。