本项目属食用菌领域。 香菇在业界有中国“国菇”之誉，传统栽培方式自宋代一直延续至上世纪中。20世纪60年代，由第一完成单位发明的代料栽培技术革命性地促进了香菇栽培产业发展，2014年度香菇产量达769万吨，居我国栽培食用菌之首，占全球香菇总量的90%以上，体现出显著的社会经济效益，目前香菇栽培也正在成为我国精准扶贫的首选项目。然而香菇能无性扩繁，扩繁体菌丝无法用肉眼判断种性，香菇栽培菌种使用安全和提高新品种育种效率一直是保障香菇产业健康发展的重大需求。 项目组围绕满足香菇“安全用种”和“高效育种”两大产业需求所需要的科学基础和关键技术，基于香菇全基因组测序，研发出分子标记，运用于准确高效鉴定香菇菌种、种质资源评价及重要农艺性状基因定位与功能研究，获得了多项创新成果，并广泛应用于生产实践，填补了产业发展短板，推进了学科发展。 1、开发出实用性强的系列分子标记：找出香菇所有的SSR位点，经筛选获得111个香菇特异性SSR标记和13万个SNP位点，成功运用于菌种真实性鉴定、遗传多样性评价及遗传连锁群构建。该项成果极大地提高了我国香菇分子标记的开发技术和应用技术水平。 2、构建了香菇重要栽培菌株分子鉴定技术体系：应用SSR分子标记阐明了我国主栽的51份香菇种质资源的系统发育关系，首次构建了香菇重要栽培菌株特异性SSR指纹图谱及DNA条形码数据库，制定出农业部行业标准《香菇菌种真实性鉴定SSR分子标记法》，满足了产业需求。 3、完成香菇遗传连锁图谱和物理图谱的首次整合：在构建了3张国际上分子标记数量最多的香菇遗传连锁图的基础上，通过SSR和SNP分子标记定位到香菇物理图谱，为进行香菇数量性状精细定位和分子标记辅助育种提供了通用平台。 4、定位到多个香菇重要农艺性状的遗传位点及候选基因：首次基于香菇全基因组，检测到控制单核体菌丝和双核体菌丝生长速度，以及控制香菇子实体菇数、总产量和单菇鲜重的QTL达145个，并发现绝大多数QTL呈现成簇分布，初步确定了MAP 激酶、蓝光受体、cytochrome P450等在内的10个候选基因。 已获得授权国家发明专利8项，发表文章12篇，其中SCI论文4篇，制定行业标准1项（送审稿），培养研究生16名。 利用本项目的创新成果，2013-2015年承担了全国食用菌品种认定工作中的菌株特异性鉴定，为食用菌新品种认定提供了遗传背景数据。每年为多家香菇菌种生产企业进行菌种真实性鉴定，从源头杜绝菌种混乱问题，为菇农用种安全保驾护航。2013年以来，保护了6.36亿棒香菇，产值27.65亿元。受各地农业行政执法部门的委托对数起香菇用种不当生产事件进行了菌种分子鉴定，为政府部门解决菌种投诉和纠纷提供了可靠的科学依据，为化解社会矛盾做出了贡献。 上述创新成果显著提高和加强了我国香菇用种安全保障能力和育种效率推进动力，为支撑我国香菇产业可持续发展发挥着重要作用，续写了上海农业科研人员在香菇学科建设方面的创新征程，强化了上海在我国食用菌产业发展的引领地位。