项目属预防医学。 SARS警示，我国疾控体系薄弱，普遍存在定位不准、职责不清、素质不高、经费不足、条件落后等问题，使国家安全不设防，亟需建立健全疾控体系（吴仪，2003）。项目汇聚政学研用专家，确立了使"体系职能落实提升80%、应急能力提高90%"的10年研究和实践目标，得到国家杰青、教育部创新团队等资助，历时15年，取得如下成果。 ①建立了风险预测、治本策略研制方法，在疾控体系众多问题中明确了首要问题，即投入不足致公共职能偏废，职能仅履行42.0%，投入缺口59.7%。运用理论、数学模型构建方法，构建了"职能难以落实作用机制""切实落实职能治本策略"模型，定量明确了职能偏废的根源、形成机制、治本策略及所需条件，技术支撑了卫生部第40号部长令。 ②确立了体系定位和被有偿服务模糊的职责。运用结构功能分析等方法，界定的疾控体系七大职能，被全国人大纳入新《传染病防治法》；明确国家、省、市、县四级疾控中心（CDC）应承担266服务项目，被卫生部采纳（卫疾控〔2008〕68号）。 ③构建了各级CDC人力测算模型。运用数学建模等方法，综合考虑人员结构、职能落实、人口密度等11类因素，提出的全国、省、市、县CDC人员配置和准入标准，被中编办、财政部采纳（中编发〔2014〕2号），落实了23.5万编制，本科以上人员增220%。确保了落实职能的人员数量和质量。 ④构建了疾控工作经费测算模型。采用生产函数、全领域成本核算等方法，考虑职能落实、工作效率、人财物动态关系等，提出的CDC经费配置和基本公共卫生服务人均筹资标准被国务院和财政部采纳（国发〔2009〕12号）。10年来CDC投入缺口降至28.9%，基本公共卫生服务人均投入达30元。确保了疾控工作的正常运行。 ⑤构建了CDC设施设备测算模型。运用Benchmarking等方法，推荐了各级CDC基本设施、仪器设备、检验检测能力等最低标准，被国家发改委、住建部和卫生部采纳（建标127-2009；卫疾控〔2004〕108号）。10年来人均建筑面积基本达标，仪器设备增192.6%，检验检测能力提升91.4%，具备了落实公共职能的基本能力。 ⑥构建了疾控工作规范化管理的方法学体系。遵循流程再造、ISO质量管理等理念，构建了艾滋病、乙肝、突发应急等10项重大疾控工作全流程技术和管理规范，被卫生部采纳，解决了如何切实落实职能的问题。如乙肝防制，工作规范地区0-5岁乙肝累积发病率是较差地区的45%。 ⑦研发了疾控工作评价模型和信息平台。运用模糊数学等方法解决信息不确定性，创建了各级机构和区域疾控工作评价指标体系和模型，研发了管理信息平台。被卫生部采纳（卫疾控〔2009〕5号），在全国32省347市3015县应用，能动态便捷评估职能落实状况，促进了疾控工作持续改进。 全国系统评价显示，职能落实和突发应急能力提升82.4%和96.4%，10年建设目标如期达成。有力支撑体系从无序应对SARS，到WHO认为的"有序应对禽流感，堪称典范"。 项目共形成7本专著，153篇文章，1206次被引。 教育部鉴定认为，研究科学可行，实践效果显著，对SARS后中国疾控体系的完善起到了重要技术支撑作用，属国内首创，重点结果达到国际领先水平。