筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记和研究耐热性遗传基础有利于建立快速高效的单株选择育种体系。在田间自然条件和人工高温条件下分别对258个单株和无性系进行了越夏性和耐热性鉴定，并分析了单株和无性系的越夏性与耐热性的相关性。把12个单株或无性系在空间隔离自然条件下自交，测定其自交一代的种子发芽率，以鉴定自交不亲和率。把两个耐热性不同但严格自交不亲和的无性系在空间隔离条件下自由授粉，对其子一代单株进行人工高温胁迫下的耐热性鉴定。运用简单重复序列区间(Iter-simpleSequenceRepeat，ISSR)和随机扩增多态性(RandomAmplifiedPolymorphismDNA，RAPD)DNA分子标记技术，采用拟集团分离分析法(ModifiedBulkedSegregantAnalysis，BSA)，在800个RAPD和100个ISSR引物中筛选与高羊茅单株耐热性和越夏性相关的分子标记，并开发序列特异扩增区域固定标记(SCAR)。研究结果表明，高羊茅单株的越夏性与耐热性间没有显著相关或相关程度较低(r2=3.4%)；不同基因型间自交亲和率有显著差异，从0%-33%不等；耐热性不同的两个无性系互为正反交的子一代的耐热性间没有显著差异，初步表明耐热性主要受核基因的控制；引物UBC351扩增的750bp条带(351-T750)和耐热性存在显著相关；引物UBC138扩增的950bp条带(138-T950)在不耐热基因池单株中也表现出较好的规律性，且与越夏性有显著相关；引物UBC856扩增的1300bp条带(856-T130)仅与越夏性显著相关，并把UBC856开发成与高羊茅越夏性相关的固定标记T_SC856。研究结果提示：T_SC856-T411可用于越夏性强单株的辅助选择，351-T750可应用于耐热性强单株的分子标记辅助选择，而138-T950可以用于高羊茅耐热性强与越夏性强单株的分子标记辅助选择；依赖自由授粉的优良杂交组合的配制，需要首先对单株的特性加以鉴定，以越夏性强、耐热性强和自交亲和率低的单株无性系为亲本。