玉米杂交育种“难在选系，重在配组，中心是配合力问题”，配合力的测定是玉米杂交育种的中心和工作重点，因此鉴定与配合力相关的分子标记不仅可以提高对配合力遗传基础的认识，也可以对玉米杂交育种提供有用的信息。该研究利用两套玉米导入系群体(Zong3/HB522、Ye478/Qi319)与四个测验种配置的测交群体进行了两年两点田间试验，并结合分子标记分析对单株产量(YP)、百粒重(KW)、株高(PH)、穗位高(EH)、穗长(EL)、穗粗(ED)、穗行数(RN)及行粒数(KN)的一般配合力(GCA)和特殊配合力(SCA)位点进行了定位分析。研究结果表明：一般配合力和特殊配合力在两个群体中变异幅度比较大，两个群体中每个性状均检测到显著位点，表明配合力是受多基因控制的数量性状，可以像产量及产量相关性状本身一样用导入系群体进行定位分析；相关性分析结果表明：行粒数、穗长和百粒重GCA与产量GCA间的相关程度较高，而穗行数与产量GCA间不相关或相关程度较低，因此针对行粒数、穗长和百粒重开展的配合力研究在育种上更有实际意义；一般配合位点与特殊配合力位点相比较发现，仅有少量位点同时控制GCA和SCA，这说明GCA和SCA的遗传基础不同；显著位点比较和相关分析还表明，除穗行数外其他产量及产量性状的一般配合力与导入系自身对应的性状间的遗传基础是不同的，因此不能用导入系自身性状预测配合力，开展配合力遗传基础的研究是非常必要的；聚合效应分析表明一般配合力随有利配合力位点数的增加而增加，因此检测到的显著位点可在玉米分子育种中加以利用。总之，该研究结果无论从理论上或者实际应用上对玉米杂交育种都具有重要意义。