针对扇贝养殖业中出现的种质退化、病害频发、养殖个体小型化等问题，为了给养殖生产提供生长快速，抗逆的扇贝新品种，该课题组应用常规育种技术和分子生物学技术相结合的手段，开展了扇贝杂交育种、选择育种和分子标记辅助育种等技术的研究，取得了重要进展。该课题于2001年正式启动，于2003年获得滚动支持，并于2005年11月通过了科技部组织的课题验收。扇贝养殖新品种“蓬莱红”：在对栉孔扇贝多年强化选育的基础上，应用远缘杂交，雌核发育和横交固定等技术，进而通过分子标记技术结合常规育种技术培育出高产抗逆的扇贝养殖新品种“蓬莱红”，该新品种壳色鲜红、高产抗逆，比常规养殖用种增产在35％-68％以上，死亡率降低30％以上。已在山东、辽宁和浙江等地中试养殖1万余亩，新增产值2亿余元，增加纯收入1.5万余元。“蓬莱红”扇贝高产抗逆、性状稳定，于2006年1月通过了全国水产原良种审定委员会评审。此外，为配合新品种开发出了新型养殖模式(秋苗繁育养殖技术)，由于采用高产品种和新的养殖模式，当年养成即可达到商品规格，不仅能提高效率，降低成本和风险，而且可使养殖扇贝达到商品规格前避开繁殖期，安全地度过7-9月份高温期，明显地提高经济效益。栉孔扇贝养殖是中国海水养殖的支柱产业，养殖面积达40万亩，年产量近100万吨，由于缺乏良种，病害频发，产业近年呈萎缩状态，高产抗逆新品种的推广对产业恢复意义重大。如在养殖生产中50％的养殖单位采用新品种，其增产、增收效果将在100亿元以上，社会经济效益显著。高产栉孔扇贝与虾夷扇贝远缘杂交种培育技术：应用远缘杂交技术培育出高产抗逆的栉孔扇贝与虾夷扇贝杂交种。应用选择育种获得高产栉孔扇贝家系，研究了两种亲贝的性腺同步发育技术、克服了远缘杂交的生殖隔离问题，并掌握杂交子一代苗种培育技术，培育出具有抗逆、高产特性的远缘杂交子一代。与普通生产用种相比较，杂种适温范围提高2℃，在高水温季节，成活率达94.7％，生长速度提高23.1％；共培育大规格(5mm)稚贝2.5亿粒养殖2000余亩。该杂交组合的杂种子代具有较好的杂种优势，在生长速度和抗逆性方面优于养殖种类，推广前景广阔。栉孔扇贝良种培育体系与新型育种技术：选育、建立了栉孔扇贝的不同群体、品系和家系共计18个(其中栉孔扇贝17个)。栉孔扇贝CDS5选育系(母本)已经过了9代选育，PLHIB群系已经过了5代选育，为进一步开展扇贝的遗传育种研究打下了基础。建立了一系列具有海洋贝类育种特点的育种技术，在选育的策略上，针对扇贝育种材料主要为野生群体，制定了针对目标群体，先混合选择再个体选择的综合选择策略；建立了超强选择结合分子标记聚类选择技术，既在表型性状选择的基础上，应用分子标记聚类分析技术，再选择基因型一致性高的同质亲本，保证了选育的亲贝性状的一致性和稳定性，发展了分子标记辅助育种技术；建立了栉孔扇贝叠代逐年选育技术，缩短选择周期，加快育种进程，降低成本风险；通过远缘杂交诱导雌核发育快速地纯合基因型，从而将有害基因除去，然后通过横交固定使“蓬莱红”的高产抗逆性状更突出、更稳定，创立了一套栉孔扇贝育种的新技术路线。扇贝遗传育种理论：在扇贝育种理论和技术方面取得重要突破，开发了贝类早期担轮幼虫微量DNA的AFLP分析技术和单精子PCR技术；建立了应用于贝类遗传分析的GISH技术；开发了几百个栉孔扇贝、华贵栉孔扇贝、虾夷扇贝和海湾扇贝SSR分子标记，完成标准SSR位点的种质鉴定、遗传结构分析的评价技术；贝类遗传图谱快速构建方法，在国际上率先完成了栉孔扇贝的AFLP连锁图谱；发现了远缘杂交扇贝一方亲本丢弃和修饰异缘染色体维持自身基因组稳定的特殊遗传学现象“弃异雌核发育”和多基因家族ITS基因转化的分子机理；通过ITS序列的染色体定位，发现了扇贝进化中染色体融合的证据。在扇贝遗传育种学的研究上引起了国际同行的关注。该课题发表和已被接收论文39篇(其中SCI源9篇、EI源7篇，国际会议2篇)；申报专利16项(包括1项国际专利)；编制种质标准和规范6个；获得2005年国家海洋局创新成果一等奖1项；培养博士生6名、硕士生9名；该课题创产值11060万元、利润8820万元。