该项目是在中国大菱鲆产业依赖于国外提供种源，种源遗传背景不清楚，质量参差不齐，生产过程中采用的亲鱼未经系统、科学的选育，累代养殖和近亲交配现象突出，导致孵化率、出苗率降低、生长速度减慢、抗逆性变差等种质退化现象的背景下来开展的。其成果的创新点:1、培育了中国大菱鲆第一个新品种大菱鲆“丹法鲆”。大菱鲆“丹法鲆”于2010年通过了全国水产原良种委员会审定，生长速度、养殖存活率分别提高24%、22%以上，出苗率平均达到38.23%，养殖存活率平均达到90%以上，其他主要生产指标，如白化率等也得到相应的改良。2011年农业部公告大菱鲆“丹法鲆”是适宜推广的杂交新品种。2、全面对比分析了中国进口的大菱鲆群体，确定了杂交育种的遗传学参数。按照双列杂交设计方案，共培育产生25个自交、杂交组合，对群体间的杂交效果进行了全面的对比分析。3、首次采用“家系保种技术”对大菱鲆品系进行选育。从2008年到2010年，利用大菱鲆家系的大规模培育技术,共建立丹麦选育系家系195个，法国选育系家系295个;设计制定了大菱鲆生长和养殖存活率评估模型，对选育系进行遗传评估。采用课题组独具知识产权的育种软件“水产动物育种分析与管理系统”，对所有选育系的家系系谱、生长速度、存活率等数据进行了计算机管理。经过连续2代的选育，培育出丹麦和法国二个选育系。由于严格控制了近亲交配，选育系可被长期稳定地保种。4、建立了大菱鲆家系及个体的物理和分子识别技术。其中可视荧光标记技术，利用5种颜色、5个部位，可在幼鱼期进行标记，标记100天后的保持率在100％；开发研究的微卫星多重PCR技术，可准确把测试家系产生的任意子代定位到各个家系，识别能力达98%以上，彻底解决了家系标记、混合养殖测试的关键技术问题。5、构建了大菱鲆“丹法鲆”的遗传连锁图谱，共组建30个连锁群，定位了3个与生长相关的基因位点。2006年-2011年,共培育大菱鲆“丹法鲆”苗种1405万尾,销售大菱鲆“丹法鲆”良种鱼卵135公斤，合计生产鱼苗3312万尾;全国范围内养殖大菱鲆“丹法鲆”成鱼共计2645万尾，产值达6.3亿元。2009-2011年新增利润按25%计，其中2009年新增产值1387万元，2010年新增产值1899万元，2011年新增产值2682万元，经济效益显著。