小麦种子主要包括高低分子量谷蛋白亚基(HMW-GS、LMW-GS)、醇溶蛋白及其水溶性蛋白，是面粉和面特性与面包品质的主要决定因素。迄今中国还缺乏具有自主知识产权、对面包品质具有重要作用的优质蛋白基因。该项目的主要目标是优化建立小麦种子蛋白快速高效的分离鉴定新方法，利用这些方法从小麦及其近缘基因组中鉴定、克隆新的候选优质基因，开发具有实用价值的基因功能标记，为小麦品质改良提供新的优质基因资源。通过不同分离参数的优化与筛选，首次建立了快速鉴定LMW-GS及其等位基因的高效毛细管电泳(HPCE)方法、HMW-GS和LMW-GS及其等位基因快速鉴定的超高效液相色谱(UPLC)方法、水溶性蛋白UPLC快速分离鉴定方法以及谷蛋白亚基及其等位基因从蛋白到DNA分子标记的多重鉴定技术体系，这些方法能快速、准确地鉴定优质蛋白亚基及其等位基因，在小麦品质改良中具有重要实际应用价值；应用蛋白质组学方法鉴定了多个籽粒发育中品质相关蛋白，发现α-淀粉酶抑制因子、谷氨酰氨合成酶、27k蛋白、果聚糖、蛋白质二硫键异构酶、NAD-依赖的异柠檬酸脱氢酶、LMW-s型低分子量谷蛋白亚基和C-类似蛋白复制子等与品质密切相关；鉴定了5个影响面粉和面条颜色、53个影响揉面仪参数、蛋白含量和千粒重等品质性状的QTL、55个贮藏蛋白含量主效QTL和77个上位性QTL；明确了Glu-3位点不同等位基因的组成及其对品质的效应；在普通小麦及其近缘基因组中首次克隆了9个新的对面筋强度具有重要作用的HMW-GS优质候选基因、15个新的影响面团粘性的LMW-GS候选基因和22个无(或少)过敏肽、影响面团延展性的α-和γ-醇溶蛋白基因；证实1By8、1Slx2.3*和1Sly17*三个高分子量谷蛋白新基因能显著提高面筋强度和面包品质。课题研究期间在J.Proteomics、PLoSOne、BMCPlantBiol.、Theor.Appl.Genet.、J.CerealSci.、J.Agric.FoodChem.等本领域国际重要SCI期刊发表论文49篇；授权发明专利2项，申请3项；获北京市科学技术一等奖(2011农-1-001)和2010-2011年度中华农业科技奖优秀创新团队奖(TD2011-003-04)两项；获北京市50篇优秀博士论文1篇和全国百篇优秀博士论文提名2篇。